Automates Cellulaires

Ce sujet, issu d'une collaboration entre le LIMOS et le LPC, s'inscrit dans une démarche de recherche permettant la mise en synergie des domaines de la biologie, de la physique et de l'informatique par la proposition d'une démarche de simulation permettant la réalisation d'expériences in silico. Pour cela, nous nous proposons de développer une plateforme logicielle dédiée ŕ la modélisation multiéchelle des systčmes biologiques, qui pourra par la suite ętre interfacée avec les outils de simulation de physique des particules, ainsi qu'un modčle individu-centré de cellule biologique paramétrable ŕ l'aide de données obtenues d'expériences in vitro. Nous présentons l'élaboration de cette plateforme et la démarche de validation de ses fonctionnalités ŕ travers l'implémentation de modčles d'automates cellulaires de la littérature. Nous présentons ensuite la construction du modčle de cellule en prenant le temps d'expliquer comment est pris en compte le systčme biologique, comment nous le modélisons puis comment nous paramétrons le modčle. Le modčle est alors utilisé pour retrouver les courbes de croissance d'une population de bactéries E. coli en utilisant des données de fluxomique.